内分泌失调

体内激素的变化可能和黄褐斑有关，比如孕妇就容易出现面部色斑，这种怀孕期间产生的色斑有些会在产后长期存留下来形成顽固的黄褐斑。有报告显示女性黄褐斑患者的黄体生成素水平增高、雌激素减低，而男性黄褐斑病人的黄体生成素水平增高、睾丸激素减低。很多黄褐斑的色泽深浅会随着女性生理周期而产生变化。也有报告显示口服避孕药会引发黄褐斑。

紫外线

紫外线对黄褐斑的形成有重要的作用，其中紫外线B对黄褐斑的形成更加重要,它可以通过刺激酪氨酸酶的活性而增加黑色素的合成。几乎所有的治疗方法中都非常强调在治疗的同时要避免日晒。

微生物失衡

黄褐斑的形成可能和皮肤表面的微生态失衡有关，黄褐斑区域的痤疮丙酸杆菌、微球菌和革兰氏阴性杆菌较正常人显著增多，这些细菌能够产生褐色素和菊黄色素。常住厌氧菌的活菌数与分离率减少，使皮肤定植抗力降低，菌群之间的竞争性抑制和干扰力减弱，导致其他产色素的微球菌大量繁殖，从而出现皮肤的色素沉着。

自由基损害

自由基可以损害人体的各种组织，黄褐斑的形成也可能与自由基有关。体内的氧自由基过量产生，以及抗氧化酶活性降低，可能引发黄褐斑。甚至有人认为血管内皮细胞的一氧化氮改变可能也和黄褐斑有关。

皮肤屏障

皮肤屏障作用破坏。不当的化妆和洗脸习惯，长期过度的刺激皮肤，使得皮肤的屏障作用减弱，从而产生黄褐斑。

遗传性

有人认为黄褐斑有遗传倾向，大约30%的黄褐斑患者有家族史。虽然相关因素很多，但依然难以确认真正的病因，大约有43.8%的患者没有一个明确的病因，排在前2位的相关因素是日晒（51.6%）和皮肤过度揉搓（50.1%），前者是普遍为大家所认同的一个黄褐斑形成原因，而后者可能会造成皮肤组织结构的破坏，从而造成一系列的因果效应，最终导致黄褐斑的产生。