引起脚气的真菌有很多种，比如皮肤癣菌、犬小孢子菌、红色毛癣菌、白色念珠菌等等，这些真菌并不是对所有的抗真菌药都敏感，同时，每一种抗真菌药也不是对所有的真菌都有效。同是脚气，感染的真菌不一样，那么治疗效果也不一样。这也是同样的药膏有的人用有效，有的人用却没效的原因。此外，发生脚气时，感染的真菌可能不止一种，一般都是混合性感染，所以，这也就是为什么脚气难治的另一个原因。

即使所用的药膏有效，在使用时也很难做到全方位覆盖。比如，脚上有的区域脚气比较严重，有的区域不严重，有的区域甚至是完好的皮肤，这就容易导致一些患者在擦药的时候，只着重擦皮损区域，对于看着挺正常的区域就忽略了，殊不知，看着完好的地方其实也感染了真菌。事实上，真菌的分布要比临床表现中病变部位的范围大得多，也正是因为这样，脚气才总是反反复复。

真菌有休眠期。真菌在条件适宜时出芽繁殖生长，这时候最容易被抗真菌药物杀死。但真菌在外部条件不佳时，选择不生长，变成孢子，因为孢子的壁比较厚，药物难于渗透进去，因此也就难以将真菌斩草除根。等外部条件成熟时，孢子又会开始出芽繁殖，于是，新的一轮感染就又来了。

第四个原因是再次感染。再次感染和复发不同，再次感染是建立在前一次的脚气已经治愈的基础上的。再次感染，往往是不注意个人卫生导致的，例如共用拖鞋被感染，或者踩到脏水被感染。

灰指甲是最顽固的一个碉堡。患多年脚气的病友常合并有灰指甲，它就象一个坚固的碉堡，周围都扫荡平了，这里却还是固若金汤。因为，真菌感染深至甲床，药物触及不到，同时甲板厚，药物不易透过。就像旁边放了个定时炸弹一样，随时都有再复发的可能。因此，治愈灰指甲也是预防脚气复发的一项重要举措。